Từ đó, bonsai được xem như là một thú chơi quý tộc, những món quà của bậc đế vương, vua chúa. Suốt một thời gian dài non nửa thiên niên kỉ, cái đẹp của bonsai ngự trị và quẩn quanh trong lăng tẩm, đền đài. Thời đại Edo (1615-1867), cung điện hoàng gia dường như không còn đủ sức giam cầm cái đẹp bonsai trong lồng son thiếp vàng. Nhưng cũng phải mất thêm nửa thiên niên kỉ nữa, bonsai mới chính thức được ra mắt một cách qui mô và hoành tráng ngay tại Tokyo vào năm 1914.
Bonsai thỏa mãn ước mơ sống chan hòa với đất trời của người chơi. Mỗi chậu bonsai là cả một vũ trụ thu nhỏ. Đó là một thực thể sống thực sự. Khác với những loại hình nghệ thuật khác, bonsai mang vẻ đẹp sống, động, và biến đổi liên tục theo trục thời gian chứ không hề bất biến như các tác phẩm nghệ thuật khác. Chính vì lẽ đó, thẩm mỹ của bonsai không hề giới hạn, và những nghệ nhân bậc thầy cũng không thể đi đến tận cùng cái đẹp của một bonsai.
Mặt khác, có người còn xem thú chơi bonsai là một liệu pháp tinh thần kéo dài tuổi thọ, đạt sự bình yên trong tâm hồn, thanh thản nhẹ nhàng giao hòa cùng quy luật thiên nhiên đất trời khi đã ngộ ra triết lý nhân sinh trong từng chồi cây, cành nụ.
Ở nơi khai sinh ra bonsai, người Nhật xem đây là một khoa nghệ thuật thẩm mỹ. Học sinh được giáo dục về tính minh triết ẩn tàng của bonsai, người xem có thể hiểu ngầm tính tình, thái độ chủ nhân qua từng chậu kiểng. Triết lý sống hài hoà, cân bằng âm dương thể hiện trong tất cả quy trình thành hình bonsai. Từ chậu, bệ, tiểu cảnh đến tư thế, vóc dáng cần đạt sự giao thoa hợp lý giữa bản nguyên đất trời với sức sáng tạo vô hạn của con người.
Tư tưởng triết học của bonsai cũng giống như thể thơ Haiku hay kịch Nô của Nhật Bản. Kiệm lời, bởi bản thân tác phẩm đã tự nói lên những hàm ý ẩn tàng. Bonsai từ khi chăm bón đến thành hình là cả một quá trình chắt chiu. Một tác phẩm hoàn hảo trước mắt người thưởng lãm thật sự đã được cắt tỉa, ghép nối, uốn sửa hàng trăm, hàng ngàn lần.
Những cành cây lỗi bị gọt bỏ ngay từ khi mới nhú, có hay không sự day dứt khi can thiệp bàn tay con người vào một tác phẩm tự nhiên? Các nghệ nhân cho rằng, việc đó cũng như một lương y cắt đi những ung nhọt, khuyết tật trên cơ thể để mang lại vẻ đẹp hoàn hảo.
Thế nhưng, sự hoàn hảo của bonsai ở chỗ không hề có một vết tích nào còn lưu lại của cuộc đại phẫu. Liên tục những cành non bị cắt xén, những bộ rễ bị bứng gốc, ngâm, phơi hay cắt xén trong đủ mọi phương pháp. Thế nhưng, kết quả lại cho ra đời một bonsai giá trị. Ấy là lẽ tái sinh, là quy luật trong triết lý Á Đông “hết mưa là nắng ửng lên thôi” hay “qua cơn bĩ cực đến hồi thái lai”.
Bonsai từ đó nuôi dưỡng ý chí, tính nhẫn nại và sức chịu đựng vô hạn của những bậc hiền triết cao minh. Người ta dùng thế giới quan thời cuộc mà giải thích cái đạo bonsai. “Gừng càng già càng cay”, giá trị của bonsai là vậy, người ta thường thấy, bonsai cổ thụ có tán tròn, đầu cây nhẵn và tròn dần, còn nếu cây còn non ắt đầu cây nhọn, đang sức vươn lên mà mang nhiều khát vọng.
Cũng giống như đối với bonsai già, người ta thường trồng chậu cạn để hệ rễ đâm ngang, đầu cây, tán tròn. Còn với những bonsai vừa ươm, hay muốn kích thích tăng trưởng hệ rễ nuôi cành, nghệ nhân trồng ngoài đất để rễ đâm sâu xuống đất, phát triển cành lá sum suê.
Năm hết Tết đến, giữa những ngày đông khắc nghiệt, vạn vật cỏ cây chìm vào giấc ngủ đông lạnh lẽo. Người chơi bonsai bứng chậu trồng xuống đất để cây tái sinh, những cành lá sẽ hướng lên trời vì gặp đất mẹ màu mỡ.
